A Missão dos 100 Anos: uma missão tão desafiadora e perigosa que permaneceu inacabada por mais de um século. Enquanto inúmeros magos tentaram realizar este objetivo extenuante, seus resultados terminaram em derrota esmagadora ou pior. No entanto, Natsu Dragneel e seus amigos—Lucy Heartfilia, Gray Fullbuster, Erza Scarlet e Wendy Marvell, junto com os exceeds Happy e Charlés—embarcam ambiciosamente na missão.
Um ano depois que a guilda Fairy Tail superou as forças diabólicas de Acnologia e Zeref, Natsu e sua equipe viajam para o continente norte de Guiltina, onde procuram o empregador da Missão dos 100 Anos e recebem sua missão quase impossível: selar os Cinco Deuses Dragões—um grupo de indivíduos com um poder tão vasto que, se deixados sozinhos, poderiam causar devastação global. Enquanto isso, uma nova integrante espirituosa chamada Touka é recrutada para a Fairy Tail. Embora sua energia vibrante e natureza apaixonada a tornem perfeita para a guilda, parece haver mais nela do que aparenta.
Determinados a cumprir sua missão aparentemente intransponível, Natsu e seus amigos começam sua busca traiçoeira pelos Deuses Dragões. No entanto, ao encontrarem uma nova guilda das trevas chamada Diabolos, junto com a nova recruta da Fairy Tail revelando suas verdadeiras cores, Natsu e sua equipe descobrirão que a Missão dos 100 Anos não é o único desafio que enfrentam.