Dois anos se passaram desde que a Comissão Contra Ghoul’s (CCG) invadiu o Anteiku. Embora a atmosfera em Tóquio mudou drasticamente devido ao aumento da influência do CCG, ghouls continuam a representar um problema, mas eles começaram a tomar cuidado, especialmente a organização terrorista Árvore Aogiri, que reconhecem a crescente ameaça do CCG à sua existência.
A criação de uma equipe especial, conhecido como o Esquadrão Quinx, pode fornecer ao CCG o impulso que precisam para exterminar os residentes indesejados de Tóquio. Como seres humanos que tenham sido submetidos a cirurgia, a fim de fazer uso das habilidades especiais dos ghouls, eles participam de operações para erradicar essas criaturas perigosas. O líder deste grupo, Haise Sasaki, é um, metade humano metade ghoul que foi treinado pelo famoso pesquisador de classe especial, Kishou Arima. No entanto, há mais neste jovem do que os olhos podem ver, como memórias desconhecidos arranham sua mente, lentamente, lembrando-o da pessoa que ele costumava ser.
