Superficialmente, a SEES — Esquadrão de Execução Extracurricular Especializado — é um clube completamente normal na Escola Secundária Gekkoukan. Na realidade, eles são um grupo de estudantes que investigam um fenômeno conhecido como a “Hora Sombria” e eliminam seres conhecidos como “Sombras”. Apenas indivíduos selecionados com “potencial” conseguem se lembrar da ocorrência da Hora Sombria, enquanto outros se “transmogrificarão” em caixões e se tornarão suscetíveis à Síndrome da Apatia — uma condição que coloca suas vítimas em um estado de transe e faz com que percam a vontade de viver.
O estudante transferido Minato Arisato é um desses indivíduos que consegue se lembrar dos eventos que ocorrem durante a Hora Sombria, embora não esteja ciente de sua habilidade. No momento em que chega à escola, ele encontra uma pessoa misteriosa que lhe pede para assinar um contrato dizendo que ele assumirá a responsabilidade por suas próprias ações. Depois, ele é confrontado pelos membros da SEES, que o colocam sob vigilância secreta porque acreditam que ele possui um potencial muito maior do que qualquer um dos outros membros.
Uma noite, Minato é abruptamente acordado por Yukari Takeba quando uma Sombra ataca seu dormitório durante a Hora Sombria. Sentindo-se compelido a lutar contra a Sombra, ele pega a arma de Yukari, mas, em vez de atirar na Sombra, ele a aponta para si mesmo, despertando sua “Persona”. Equipado com seus novos poderes, Minato se junta à SEES para desvendar o mistério por trás do fenômeno misterioso.
