Aclamado como o salvador do Departamento de Polícia Japonês, o detetive colegial Shinichi Kudou usa uma combinação de habilidades de observação, pensamento crítico e conhecimento geral para resolver casos que deixam a polícia perplexa.
Um dia, durante um passeio com sua amiga de infância Ran Mouri, Shinichi presencia uma transação suspeita entre dois homens e é pego. Como resultado, ele é forçado a ingerir um veneno que deveria matá-lo, mas inesperadamente encolhe seu corpo ao tamanho de uma criança do ensino fundamental. Agora considerado morto, Shinichi assume o pseudônimo de Conan Edogawa (uma junção dos nomes dos famosos autores de mistério Arthur Conan Doyle e Ranpo Edogawa) para esconder sua identidade e começa sua nova vida como um menino de sete anos vivendo com Ran e seu pai detetive particular.
Meitantei Conan acompanha Conan enquanto ele continua a resolver casos de assassinato, ao mesmo tempo em que trabalha lentamente para expor os homens que o encolheram e eventualmente restaurar seu corpo.
