A porta para o Kingdom Hearts foi selada, enfraquecendo os Heartless e restaurando os mundos à normalidade mas Riku e o Rei Mickey ficaram presos do outro lado! Agora, Sora, Donald e Pateta partem em busca de seus amigos, o que os leva ao misterioso Castelo Oblivion.
Lá, uma figura encapuzada os avisa:
“Adiante está algo que vocês precisam. Mas, para conquistá-lo, terão que perder algo precioso.”
Mas o que poderia ser mais precioso do que suas próprias memórias? E o que os enigmáticos membros da Organização XIII realmente querem com eles?